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Aller à la recherche. Mercredi 30 octobre 2013. La reprise avec des algues. Par Guillaume Collet le mercredi 30 octobre 2013, 09:00 - bioinformatique. Après deux semaines de vendanges début octobre. et deux semaines de rhume à suivre, me revoilà d'attaque. ou presque. J'ai repris le boulot en allant présenter notre travail sur la reconstruction des réseaux métaboliques lors de la conférence annuelle IDEALG. Bref, c'est un projet très large et très ambitieux qui me plaît bien. Qui permet de calculer des s...

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bioinformatique - I'm stuck here

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Informatique - I'm stuck here

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Aller à la recherche. Mardi 24 septembre 2013. Mmap et openMP, ça accélère bien les calculs. Par Guillaume Collet le mardi 24 septembre 2013, 07:40. Threads, chaque thread lit. J'ai testé ça sur un fichier fastq pour voir (dans la suite de split fastq). Si je lis le fichier fastq en comptant les 31-mers, avec un thread cela prend 2 minutes 20. Avec 8 threads, cela ne prend plus que 46 secondes. C'est vraiment tout bête mais ça me plaît bien. Dimanche 15 septembre 2013. Qui permet de spécifier un nombre d...

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Tag - Algues - I'm stuck here

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Aller à la recherche. Mercredi 30 octobre 2013. La reprise avec des algues. Par Guillaume Collet le mercredi 30 octobre 2013, 09:00 - bioinformatique. Après deux semaines de vendanges début octobre. et deux semaines de rhume à suivre, me revoilà d'attaque. ou presque. J'ai repris le boulot en allant présenter notre travail sur la reconstruction des réseaux métaboliques lors de la conférence annuelle IDEALG. Bref, c'est un projet très large et très ambitieux qui me plaît bien. Qui permet de calculer des s...

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Tag - mmap - I'm stuck here

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Aller à la recherche. Mardi 24 septembre 2013. Mmap et openMP, ça accélère bien les calculs. Par Guillaume Collet le mardi 24 septembre 2013, 07:40 - Informatique. Threads, chaque thread lit. J'ai testé ça sur un fichier fastq pour voir (dans la suite de split fastq). Si je lis le fichier fastq en comptant les 31-mers, avec un thread cela prend 2 minutes 20. Avec 8 threads, cela ne prend plus que 46 secondes. C'est vraiment tout bête mais ça me plaît bien. Dimanche 15 septembre 2013. Qui permet de spécif...

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La boîte de Pandore - I'm stuck here

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