bioinf.spbau.ru

Algorithmic Biology Lab | St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.11 genome assembler. A q uality assessment tool for genome assemblies. Algorithmic Biology Lab was founded at St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. Led by Dr. Pavel Pevzner. And Dr. Max Alekseyev. And supported by the Russian Ministry of Education and Science ( Decree 220. Currently, we're working on the following projects:. Novel approach to sequencing and genome assembly.

http://bioinf.spbau.ru/

OVERVIEW OF bioinf.spbau.ru

TRAFFIC RANK

>1,000,000

REVIEWS

0

PAGES IN THIS WEBSITE

21

LINKS TO THIS WEBSITE

CONTACTS

ADDRESSES

SOCIAL LINKS

ONLINE SINCE

WEBSITE DETAILS

SEO

PAGES

SIMILAR SITES

TRAFFIC RANK FOR BIOINF.SPBAU.RU

TODAY'S RATING

>1,000,000

TRAFFIC RANK - AVERAGE PER MONTH

BEST MONTH

December

AVERAGE PER DAY Of THE WEEK

HIGHEST TRAFFIC ON

Monday

TRAFFIC BY CITY

Sign up

CUSTOMER REVIEWS

Average Rating: 4.4 out of 5 with 14 reviews

5 star

7

4 star

6

3 star

1

2 star

0

1 star

0

Hey there! Start your review of bioinf.spbau.ru

AVERAGE USER RATING

Write a Review

WEBSITE PREVIEW

LOAD TIME

3.3 seconds

FAVICON PREVIEW

16x16

CONTACTS AT BIOINF.SPBAU.RU

ADD CONTACT

Login

TO VIEW CONTACTS

Remove Contacts

FOR PRIVACY ISSUES

CONTENT

PAGES IN
THIS WEBSITE

21

SSL

EXTERNAL LINKS

68

SITE IP

194.85.238.20

LOAD TIME

3.299 sec

SCORE

6.2

PAGE TITLE

Algorithmic Biology Lab | St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences | bioinf.spbau.ru Reviews

<META> DESCRIPTION

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.11 genome assembler. A q uality assessment tool for genome assemblies. Algorithmic Biology Lab was founded at St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. Led by Dr. Pavel Pevzner. And Dr. Max Alekseyev. And supported by the Russian Ministry of Education and Science ( Decree 220. Currently, we're working on the following projects:. Novel approach to sequencing and genome assembly.

<META> KEYWORDS

1 algorithmic biology lab

2 contacts

3 press

4 news

5 genomics

6 single cell genomics

7 spades genome assembler

8 bayeshammer

9 quast

10 metaquast

CONTENT

Page content here

KEYWORDS ON PAGE

algorithmic biology lab,contacts,press,news,genomics,single cell genomics,spades genome assembler,bayeshammer,quast,metaquast,sibelia,collaboration,proteomics,transcriptomics,rnaquast,rnaspades,immunoproteogenomics,publications,talks,conferences we hosted

SERVER

Apache/2.4.25 (Debian)

CONTENT-TYPE

utf-8

GOOGLE PREVIEW

Algorithmic Biology Lab | St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences | bioinf.spbau.ru Reviews

https://bioinf.spbau.ru

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.11 genome assembler. A q uality assessment tool for genome assemblies. Algorithmic Biology Lab was founded at St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. Led by Dr. Pavel Pevzner. And Dr. Max Alekseyev. And supported by the Russian Ministry of Education and Science ( Decree 220. Currently, we're working on the following projects:. Novel approach to sequencing and genome assembly.

SUBDOMAINS

quast.bioinf.spbau.ru

QUAST

Quality Assessment Tool for Genome Assemblies. Evaluates genome assemblies by computing various metrics, including. Length for which the collection of all contigs of that length or longer covers at least 50% of assembly length,. Where length of the reference genome is being covered,. Where aligned blocks instead of contigs are taken,. Misassemblies, misassembled and unaligned contigs or contigs bases,. Builds convenient plots for different metrics. Cumulative contigs length,. All kinds of N-metrics,.

spades.bioinf.spbau.ru

Index of /

Apache/2.4.17 (Debian) Server at spades.bioinf.spbau.ru Port 80.

INTERNAL PAGES

bioinf.spbau.ru

1

SPAdes Genome Assembler | Algorithmic Biology Lab

http://bioinf.spbau.ru/en/spades

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.9 is released! See all changes in changelog. SPAdes manual with installation guide (ver 3.9.0). Assembling long Illumina paired-end reads (2x150 and 2x250). SPAdes on GAGE-B data sets. Benchmark for other data sets. Support e-mail: spades.support@bioinf.spbau.ru. For the benchmarks we used:. 29M reads, 2x100bp, insert size 270bp (Illumina Genome Analyzer IIx). E coli K-12 MG1655. The NG50 statistic is the...

2

SPAdes 3.5 is out: Nanopores, Lucigen NxMate mate-pairs, new mismatch correction | Algorithmic Biology Lab

http://bioinf.spbau.ru/en/content/spades-35-out-nanopores-lucigen-nxmate-mate-pairs-new-mismatch-correction

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.5 is out: Nanopores, Lucigen NxMate mate-pairs, new mismatch correction. New SPAdes 3.5. This release includes new mismatch correction module, support for Oxford Nanopore and Lucigen NxMate mate-pair libraries, possibility to specify coverage cutoff, improved performance and several fixes.

3

ExSPAnder won the Outstanding Paper Award at ISMB! | Algorithmic Biology Lab

http://bioinf.spbau.ru/en/exspander_award_ismb_2014

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. ExSPAnder won the Outstanding Paper Award at ISMB! The paper " ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly. Won the Outstanding Student Paper award at ISMB 2014. Congratulations to Andrey D. Prjibelski and Irina Vasilinetc. Is given to the undergraduate, Master’s or PhD student who presents the most thought-provoking or original paper at the Conference, as judged by the panel of experts.

4

Computational Proteomics | Algorithmic Biology Lab

http://bioinf.spbau.ru/en/proteomics

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. Tag generation for top-down mass spectra. Joint project with Pavel Pevzner’s lab. Yakov Sirotkin, Xiaowen Liu, Maxim Gladkikh, Pavel Pevzner and Kira Vyatkina,. Peptide Sequence Tags for Top-Down Spectra. Accepted to RECOMB CP 2012. MS-Align Tag ( download. Error correction for top-down mass spectra. Joint project with Pavel Pevzner’s lab. The procedure of spectrum interpretation starts with retrieval of isotopome...

5

What is Single Cell Genomics? | Algorithmic Biology Lab

http://bioinf.spbau.ru/en/single-cell

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. What is Single Cell Genomics? Chitsaz et al., 2011 [1] introduced the E V-SC assembler, combining parts of EULER-SR with a modified Velvet, and achieved a significant improvement in the quality of SCS. However, as the authors of E V-SC realized, one needs to change algorithmic design (rather than just modify existing tools like Velvet) to fully utilize the potential of SCS. We present the SPAdes assembler. JP Glot...

UPGRADE TO PREMIUM TO VIEW 16 MORE

TOTAL PAGES IN THIS WEBSITE

21

LINKS TO THIS WEBSITE

2012.happydev.ru

Война миров: хипстеры против Enterprise - Анна Тарасенко | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/tarasenko.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Война миров: хипстеры против Enterprise. Автор расскажет как можно убить двух зайцев, совместив мощь Java Enterprise и гибкость Rails-подобных фреймворков. В течение 4 лет преподавала в ОмГУ основы программирования на 1-м курсе математического факультета. С 2009 года ведёт годовой спецкурс Современные практики разработки программного обеспечения в ОмГУ. С 2012 года проводит занятия в Школе программиста. Инициатор создания сообщества OmskJS. Стоит ли ...

2012.happydev.ru

100 лет без авралов или зачем проекту креативный менеджер - Антон Непомнящих | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/nepomnyashikh.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. 100 лет без авралов или зачем проекту креативный менеджер. Рассказ о развитии проекта объемом 100 человеко-лет с нуля. От BodyShop с четырьмя разработчиками и микроменеджментом к стабильному процессу на 33 человек. Занимается руководством менеджерами проектов, постановкой процессов управления проектами, планированием и оперативным распределением ресурсов между проектами, разработкой стандартов процессов разработки на проектах. На данный момент в прое...

2012.happydev.ru

World cafe, open space и другие креативные тусовки - Андрей Шапиро и Данил Снитко | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/worldcaffee.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. World cafe, open space и другие креативные тусовки. Занимается интерфейсом интерактивных продуктов с 2006 года. Входит в продуктовую команду Zona.ru. Внедряет подходы гибкой разработки в смешанных командах, где дизайнеры и технологи итеративно развивают целостный продукт. Организует в Челябинске встречи методологического кружка по интерфейсу и информационному дизайну «Мекра» — http:/ mekra.ru. Mdash; Сервисы цифрового ТВ для set-top-box Amino и PC.

2012.happydev.ru

От дизайн-процесса к дизайн-результату - Андрей Шапиро | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/shapiro.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. От дизайн-процесса к дизайн-результату. Как укладываться в итерацию с дизайном, делая его быстро и качественно. В бюро принято использовать метод прогрессивного джипега и принцип FFF (fix time, fix budget, flex scope). Как сделать так, чтобы они сработали на практике и расскажет автор. Занимается интерфейсом интерактивных продуктов с 2006 года. Входит в продуктовую команду Zona.ru. Некоторые из продуктов, над которыми Андрею посчастливилось работать.

2012.happydev.ru

Круглый стол по проблемам ИТ-образования - Анна Тарасенко и Иван Орехов | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/education.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Круглый стол по проблемам ИТ-образования. В течение 4 лет преподавала в ОмГУ основы программирования на 1-м курсе математического факультета. С 2009 года ведёт годовой спецкурс Современные практики разработки программного обеспечения в ОмГУ. С 2012 года проводит занятия в Школе программиста. Инициатор создания сообщества OmskJS. Comments powered by Disqus. Laquo;Как мы делали Книгу вслух». Laquo;Фууу, стартап! Laquo;Как мы делали Фейкстиваль». Laquo;...

2012.happydev.ru

Фоторама - простая и мощная галерея на JS - Артём Поликарпов | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/polikarpov-fotorama.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Фоторама - простая и мощная галерея на JS. Автор Фоторамы расскажет о зарождении идеи, первых шагах и развитии, об особенностях дизайна и технических решениях. Работал над проектом Запринтуй. Фоторама — джаваскриптовая галерея для сайтов. Простая, шикарная, мощная. Comments powered by Disqus. Laquo;Как мы делали Книгу вслух». Laquo;Фууу, стартап! Laquo;Креативное агентство, работающее в кайф». Laquo;Как мы делали Фейкстиваль». КБ Собака @ Павлова.

2012.happydev.ru

Компания мечты своими руками - Александр Бындю | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/byndyu.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Компания мечты своими руками. Рассказ о поисках идеальной компании, о проблемах на этом пути и об опыте создания своей компании мечты. Проведении тренингов для программистов и менеджеров. Консультировании IT компаний, для решения серьезных задач в архитектуре проекта или организации работы команды разработчиков. Проводит тренинги на инженерном треке AgileCamp. Внештатный сотрудник Академия АйТи. Зачем ставить в основание ценности Agile? СПБАУ, лабора...

2012.happydev.ru

Как мы делали «Книгу вслух» - Юрий Подорожный | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/podorozhny.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Как мы делали Книгу вслух. Рассказ о том, как создавалось приложение «Книга вслух» — магазин аудиокниг для платформы iOS. Как авторы подходили к решению технических и интерфейсных задач, как планировали выпуск новых версий продукта, зачем несколько раз переписывали серверную часть и как набрали полмиллиона пользователей без рекламы. Один из авторов приложения Книга вслух: http:/ itunes.apple.com/ru/app/kniga-vsluh/id449818886? Laquo;Фууу, стартап!

2012.happydev.ru

Как мы делали Фейкстиваль - Данил Снитко | HappyDev'12

http://2012.happydev.ru/speakers/snitko-fakestival.html

29-30 сентября 2012,. Конгресс-холл Экспоцентра, Омск. Как мы делали Фейкстиваль. Рассказ о том, как мы придумали и воплотили в жизнь целый рекламный фестиваль, какого еще не было в России. Организатор фестиваля фейков Fakestival: http:/ fakestival.ru/. Играл в КВН в составе Сборной Интернета: http:/ i-sbornaya.kvnru.ru/. Автор проекта для художников-комиксистов Как рисовать мангу. Comments powered by Disqus. Laquo;Как мы делали Книгу вслух». Laquo;Фууу, стартап! Laquo;Как мы делали Фейкстиваль». Laquo;1...

UPGRADE TO PREMIUM TO VIEW 59 MORE

TOTAL LINKS TO THIS WEBSITE

68

SOCIAL ENGAGEMENT

spadesassembler

OTHER SITES

bioinf.picr.man.ac.uk

MIAME-VICE Service Withdrawal

Notice of withdrawal of MIAME-VICE service. We are sorry the MIAME VICE service is no longer in operation. For questions and enquiries please contact microarrayservice@cruk.manchester.ac.uk. For other information please visit Cancer Research UK Manchester Institute.

bioinf.ru

AAPPred: B-cell eptitope prediction

AAPPred epitope prediction software based on algorithm described in the article Prediction of linear B-cell epitopes using amino acid pair antigenicity scale. We have implemented two modes: first (SVM1) one is based on amino acids pair (AAP) frequencies and classical amino acids scales such as hydrophilicity, flexibility, etc. SVM2 uses only AAP frequencies to predict epitopes. Our data set contains not only publicly available data but also our proprietary experimental data. This is ROC curve.

bioinf.rub.de

Welcome

Faculty of Biology and Biotechnology. Raquo; Departement of Biophysics. Welcome to the RUB Bioinformatics Group. The RUB Bioinformatics group was established in the Department for Biology and Biotechnolgy at Ruhr University in April 2011, and is closely linked to the Chair of Biophysics and the Protein Unit Ruhr within Europe (PURE). The group is headed by Prof. Dr. Axel Mosig. Last update: 2014-11-13; 14:41 Imprint.

bioinf.sce.carleton.ca

James Green - Webservers

Welcome to the research web server of the Green lab. Cell BE Workshop 15-16 May 2008, Carleton University. VMware Image Download (FC7, SDK3):. Webservers hosted on this machine:. A method of predicting post-translational sumoylation sites on proteins via parallel cascade identification. Green, J.R., Dmochowski G.M., Golshani A., "Prediction of Protein Sumoylation Sites Via Parallel Cascade Identification", CMBEC06. Vancouver, 1-3 June 2006. A method of predicting ATP- and GTP-binding sites on proteins.

bioinf.shenwei.me

Wei Shen's Bioinformatic tools

Wei Shens Bioinformatic tools. MicroRNA Prediction Using a Fixed-Order Markov Model Based on the Secondary Structure Pattern. Fast Multiple Covariance Detector. Go/Linux,OS X,Windows. A cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation. Go/Linux,OS X,Windows. A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit. Go/Linux,OS X,Windows. A fast cross-platform NCBI taxonomy data querying tool, with cmd client and REST API server for both local and remote server. Go/Linux,OS X,Windows.

bioinf.spbau.ru

Algorithmic Biology Lab | St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences

Skip to main content. St Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. SPAdes 3.11 genome assembler. A q uality assessment tool for genome assemblies. Algorithmic Biology Lab was founded at St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences. Led by Dr. Pavel Pevzner. And Dr. Max Alekseyev. And supported by the Russian Ministry of Education and Science ( Decree 220. Currently, we're working on the following projects:. Novel approach to sequencing and genome assembly.

bioinf.stepik.org

Онлайн-магистратура по биоинформатике

Начало программы осень 2017 года. Для поступления необходимо пройти программу по Анализу данных. И дополнительные курсы по биологии. Все подробности о магистратуре появятся зимой 2016-2017. Задайте свой вопрос на bioinf@stepik.org. Please correct e-mail address. Name Wrong. Correct please. Please correct phone number. Please enter letter, number or punctuation symbols. Мы будем держать вас в курсе.

bioinf.ucd.ie

Des Higgins laboratory

Belfield, Dublin 4. 00353) 1 716 6833. 00353) 1 716 6701. Webmaster: Alessandro Guida Valid XHTML.

bioinf.uni-freiburg.de

Bioinformatics Group Freiburg

Head of the Group. Prof Dr. Rolf Backofen. 49 (0) 761 / 203 - 7461. 49 (0) 761 / 203 - 7462. 49 (0) 761 / 203 - 7460. 49 (0) 761 / 203 - 7462. Department of Computer Science. Location map and description. March 2017] Im Rahmen der Schüler-Ingenieur-Akademie (SIA). Führen wir interessierte Schüerinnen und Schüler in unserem Workshop 'Bioinformatik - finde einen Gendefekt'. In allgemeine Tätigkeiten und Aufgaben der Bioinformatikforschung ein. In Freiburg in Freiburg on 9.-10.3.2017! If you are interested.

bioinf.uni-greifswald.de

Bioinformatics Greifswald

Institute for Mathematics and Computer Science. Welcome to the Bioinformatics Web Server. This is the web server of the Bioinformatics Group at the Institute for Mathematics and Computer Science at University of Greifswald. Navigating from this page, you find:. Information about our group (and where to find us),. Bioinformatics web services (e.g. AUGUSTUS),. Bioinformatics tools and data for download,. Publications of our group, and. BioTechniques reports about BRAKER1. Tel: 49 (0)3834 420 - 46 24.

bioinf.uni-kiel.de

Bioinformatics Network

Faculty of Mathematics and Natural Sciences. Prof Dr. Tal Dagan. Prof Dr. Andre Franke. Institute of Clinical Molecular Biology. The bioinformatics network aims to promote bioinformatics research at Kiel University and its partner institutes by supplying a framework for an inter-disciplinary scientific exchange and an inter-faculty education program. Seminars are also announced by email to the bioinf mailing list. Please subscribe to this list here. 13 1 2017 (Friday) 15:00. Beate Slaby, GEOMAR Kiel.